Formó parte del Movimiento de Sacedortes del Tercer Mundo y a lo largo de su vida fue acercandose progresivamente al peronismo.Su mayor labor comunitaria la tuvo en la Villa del Puerto de Retiro, que luego se llamaría Villa 31. Allí trabajó por los más necesitados y fundó la parroquia Cristo Obrero.
La acción que Mujica tuvo por los pobres, su militancia e independencia política, lo hicieron blanco de varias amenazas de muerte y ser victima de atentados.
El 11 de mayo de 1974, luego de dar misa en la iglesia San Francisco Solano de Villa Luro, es asesinado por un comando de la organización parapolicial Triple A.
